Descripción
En el Package Explorer de Eclipse pueden aparecer algunos recursos, normalmente carpetas, con una “X” roja abajo a la derecha del ícono. Al intentar borrar estos elementos, aparece el error “Resource is out of sync with filesystem”.
Causa
Se realizó una modificación fuera de Eclipse. Normalmente esto pasa cuando, por ejemplo, se borra una carpeta desde el sistema operativo.
Solución
En el menú contextual del proyecto activar la opción Refresh. Esto obligará al proyecto a revisar nuevamente su directorio raiz y a reconstruir su estructura.